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本发明公开了一种利用CRISPR-Cas9系统敲除甘蓝型油菜BnMAX1基因的方法及应用，设计了两种特异性靶向甘蓝型油菜BnMAX1基因的sgRNA并制成oligo二聚体，与Cas9载体连接，通过农杆菌介导的遗传转化技术导入到甘蓝型油菜下胚轴愈伤并再生成苗，Cas9核酸酶在sgRNA的引导下，剪切目标序列，每条sgRNA都能通过CRISPR-Cas9系统介导A和C基因组上BnMAX1基因的剪切，达到基因敲除的目的。经过表型鉴定，发现纯合突变株系增加了分枝数、单株角果数，降低植株高度，同时也增加了产量。