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大规模调查种质资源的基因组变异对理解作物有利性状的形成和演化至关重要。当前对栽培陆地棉的地理分化和纤维改良的基因组学基础还知之甚少。本研究分析了3248个四倍体棉基因组，证实A06和A08染色体上广泛的倒位是栽培陆地棉地理分化的根本原因。揭示了这两条染色体上单倍型的多样性可能源自半野生棉，为深入理解栽培陆地棉的适应性进化有重要意义。同时发现其他棉种的渐渗片段是改良陆地棉纤维品质的关键，为进一步研究陆地棉适应性演化和突破纤维品质改良瓶颈提供了理论依据。