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　　根据科技部、财政部、中编办“国科发政字[2002]356号”文件的要求和中国农科院党组的安排，2003年2月份，在对原子能利用研究所相关学科进行重大调整基础上，吸收了作物所、品资所有关从事农产品加工研究的力量，开始了建设食品科学与工程学科和组建中国农业科学院农产品加工研究所的工作。
农产品加工所成立后，不断摸索发展道路和发展模式，按照我院“三个中心、一个基地”的战略目标，在广泛听取各方意见和建议的基础上，通过多次讨论和研究，制定并完善了建所方案，明确了总体发展目标和阶段发展目标、学科调整原则和学科建设方向、产业发展目标和管理方式、管理机构与人员组成等一系列事关研究所发展的战略性问题。经过两年多的建设与发展，该所各项工作稳步推进，并取得一系列实质进展。
一、科技创新体系及学科设置日益完善
　　总体发展目标：争取用5～10年时间，构建现代化的，具有农业产业背景和农产品加工特色的食品科学与工程的研究、试验、中试中心，食品工程技术的孵化中心，农产品产业化开发的示范中心及食品科学与工程高级人才的培养基地，为发展我国农产品加工业提供关键技术、现代工艺和新产品。利用科研和技术优势，联合相关企业，组建加工企业和企业集团研发中心，提高研究所的创新和创收能力。
　　在科技创新体系设置方面，撤销了研究室建制，根据食品科学与工程学科的特点和研究服务对象，重点建设4个中心，即食品科学研究中心（下设6个实验室）、农产品加工工程中心、辐照产品监督检验测试中心及食品科学与技术咨询中心。
　　在学科设置方面，依据研究所总体发展目标，在认真分析本所学科发展的基础、条件和优势的基础上，确定了6个重点学科领域。
1.食品加工工艺：由院一级岗位杰出人才魏益民教授任首席专家。主要从事食品加工技术和工艺研究。近期研究重点是利用质构重组技术，研究和开发淀粉、蛋白质和果品资源加工原理、技术、工艺和产品。
2.功能食品：由院二级岗位杰出人才王强研究员任首席专家。主要进行功能性食品和新资源食品的研究与开发，包括天然活性因子的识别、分析检测技术与方法研究、生物活性物质分离提取、纯化技术及工艺，以及功能因子作用机理、功能性评价、毒理学评价、功能食品加工标准体系与全程质量控制体系研究。
3.农产品辐照与贮藏：由院二级岗位杰出人才哈益明教授任首席专家。主要从事农产品辐照及贮藏保鲜技术研究，包括农产品贮藏保鲜基础研究、农产品和食品的辐照加工技术研究，产业化应用技术研究及农产品相关标准的制定。
4.食品微生物与发酵工程：由院二级岗位杰出人才吕加平研究员任首席专家。主要从事食品微生物资源开发及应用和食品微生物污染机制及监控技术的研究。包括发酵食品高新技术研究和产品开发，发酵工程优良菌株、食品发酵剂和益生菌优良菌株的选育及应用技术研究，微生物酶学特性及应用技术研究，微生物对产品质量的影响机理及监控技术等。
5.食品质量与安全：由院三级岗位杰出人才潘家荣研究员任首席专家。主要从事食品安全关键技术研究，包括国内外食品安全法规体系、食品安全技术平台建设、食品安全数据库建设。
6.食品化学与营养：由院二级岗位杰出人才木泰华研究员任首席专家。主要进行非加热技术（超高压及高压脉冲电流）在农产品加工和贮藏上的应用研究。特别是通过对蛋白质的变性、聚合、凝胶化、物化和功能特性的解析，探索动植物蛋白质在食品工业中的应用。
二、科技创新出现良好态势
1.科研立项与经费投入大幅度增加  2003年获准国家“863”项目、科技基础工作专项、农业部结构调整重大技术研究专项、农业科技创新中心项目、社会公益性项目、国家自然科学基金项目、“948”项目等12项，总经费累计近1000万元，年度经费接近400万元。2004年组织申报的项目比2003年翻一翻，年度经费达700万元，总经费累计超过2200万元。
2.科技创新取得显著成果  截止2005年6月，该所共鉴定科研成果6项。其中，“大豆高水分挤压组织化技术”、“农产品加工标准体系与全程质量控制体系研究与示范”、“稻米深加工技术与设备”达到国际先进水平；“农产品加工标准体系与全程质量控制体系研究与示范”项目成果获中国农业科学院科学技术成果一等奖；该所参与“稻米及其副产品高效增值深加工技术”顺利通过国家科技进步二等奖答辩。此外，两年间，该所共发表科研论文60余篇，主编、参编科技著作15部；申请发明专利8项，已获准1项，公开4项。
3.学术交流氛围初步形成  为培养学术气氛，提高全所科研人员的业务素质，加强不同学科方向的沟通、交流，促进团队合作和各项科研、开发任务的顺利进行，所领导研究决定在全所范围内开展两周一次的学术交流活动。通过互动交流，大家对加工行业有了比较全面的了解，进一步开阔了视野，拓宽了思路，为各项工作的更好开展奠定了基础。
三、科技产业发展进展顺利
1.与政府部门或企业联合，开发新产品  该所主动走向市场，与政府、企业积极开展科技项目协作。先后与浙江野姣姣集团、福清市天海饮料食品科技有限公司、湖南金健米业、江苏牧羊集团、哈高科大豆食品有限公司、江苏维维集团等开展技术合作，已开发了枇杷果肉饮料、小米乳系列植物蛋白饮料、大豆组织化蛋白等产品，市场销售前景良好。
2.利用辐照技术，向社会提供技术服务  辐照中心坚持“以质量求生存，以改革求发展”的原则，在机构和人员的管理上，完成了机构改组和全员竞聘工作，制定了岗位职责，完善了管理、运营和奖励制度，提出了较为具体的经营和发展目标。2003年，辐照产值达到207万元；2004年，研究所又追加投入300万元购买钴源，使源强增加到40万居里，增强了中心的创收能力和发展后劲。
四、食品科学与工程科学为主的科技队伍基本形成
目前，全所有中国农科院一级岗位杰出人才1名、二级人才4名、三级人才4名；有博士9人、硕士12人。研究所还设有农产品质量与食品安全、生物物理博士点以及农产品加工与贮藏工程硕士点，有博、硕士导师6名，现有在读博士研究生4名，硕士研究生13名。以食品科学与工程学科科研人员为主体的人才队伍构架正在形成。
五、科研平台建设初见成效
食品科学研究中心根据我院二级学科方向设置了食品化学与营养、微生物与发酵工程、食品质量与安全、农产品辐照与贮藏、功能食品、食品工艺等6个实验室，总面积达1600m2。通过人才基金及学科建设经费相继购置了双螺杆挤压膨化实验室工作站、粉质仪、拉伸仪、质构仪、全自动凯氏定氮仪、自动索式总脂肪分析系统、冷冻干燥机、半自动纤维素测定仪、质谱仪、扫描和透视电镜等大型仪器。工程中心试验基地正在我院南口基地建设，课题所需相应的加工设备和生产线已引进。根据国内中小食品企业的需求，还将建设包括新产品研制、开发、包装、标签设计、标准及质量控制体系建设、厂房设计、人员培训等在内的全套技术咨询服务体系。